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                CD #1 | 
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| 1 | Main Titles | 2:29 | |||||||||
| 2 | Strings of Prisoners | 1:27 | |||||||||
| 3 | Inking the Plan | 2:37 | |||||||||
| 4 | Save a Brother's Life | 1:52 | |||||||||
| 5 | In the Yard | 1:45 | |||||||||
| 6 | T-Bag's Coming for Dinner | 1:43 | |||||||||
| 7 | Sucre's Dilemma | 2:26 | |||||||||
| 8 | Sarah & Michael | 1:43 | |||||||||
| 9 | Abruzzi Is the Ticket | 1:57 | |||||||||
| 10 | In the Tunnels | 2:56 | |||||||||
| 11 | Unconditional | 2:19 | |||||||||
| 12 | Conspiracy | 2:41 | |||||||||
| 13 | Sarah | 2:44 | |||||||||
| 14 | C-Note | 2:07 | |||||||||
| 15 | An In-Be-Tweener | 3:12 | |||||||||
| 16 | Prison Break | 3:33 | |||||||||
| 17 | The Manhunt Begins | 2:15 | |||||||||
| 18 | Special Agent Mahone | 1:23 | |||||||||
| 19 | Veronica Is Murdered | 1:49 | |||||||||
| 20 | Linc & LJ | 2:04 | |||||||||
| 21 | Stand-Off | 1:58 | |||||||||
| 22 | Cat & Mouse | 1:33 | |||||||||
| 23 | (Classified) | 2:02 | |||||||||
| 24 | Remorse | 2:30 | |||||||||
| 25 | Origami | 1:03 | |||||||||
| 26 | Escape Is Just the Beginning | 2:11 | |||||||||
| 27 | Panama | 1:21 | |||||||||
| 28 | Maricruz | 1:09 | |||||||||
| 29 | Execution | 1:49 | |||||||||
| 30 | Trouble in Paradise | 1:18 | |||||||||
| 31 | Sona | 1:35 | |||||||||